DNA序列查詢——NCBI良心教程，尋找基因轉(zhuǎn)錄本序列及相關(guān)編碼蛋白

提及 NCBI 我們大家都不陌生，研究物種基因功能可都靠它呢。在 NCBI 的快速搜索下，基因 轉(zhuǎn)錄本序列以及相關(guān)編碼蛋白信息那也是手到擒來(lái)。然而當(dāng)我們查找某個(gè)基因的相關(guān)信息時(shí)， 就會(huì)發(fā)現(xiàn)該基因有很多個(gè)轉(zhuǎn)錄本。所以盡管基因查詢很簡(jiǎn)單，但要精確定位到自己所需的轉(zhuǎn) 錄本核酸序列及蛋白信息仍是一個(gè)問(wèn)題，今天小編就手把手教大家如何通過(guò)經(jīng) NCBI 搞定此難題，以栗子為主，包學(xué)包會(huì)。

步驟

1.打開 pubmed：ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

2.選擇基因并輸入你要查找的基因名稱 ，這里以 TP53 基因?yàn)槔?/p>

3.點(diǎn)擊 search 進(jìn)入該界面

4.點(diǎn)擊第一個(gè) TP53 進(jìn)入以下界面

5.下拉到 NCBI Reference Sequences (RefSeq)區(qū)域，mRNA and Protein(s)下顯示的就是該基因的轉(zhuǎn)錄本及其編碼的蛋白：

6.一直下拉會(huì)發(fā)現(xiàn)該基因共有15個(gè)轉(zhuǎn)錄本

案例

以第一個(gè)轉(zhuǎn)錄本為例來(lái)告訴大家怎樣查找轉(zhuǎn)錄本的核苷酸序列及其編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。

7.點(diǎn)擊 NM_000546.5 后會(huì)出現(xiàn)以下界面

8.下拉到 ORIGIN 區(qū)域即為該轉(zhuǎn)錄本的核苷酸序列

9.返回到以下界面

10.點(diǎn)擊 NP_000537.3 后會(huì)看到以下界面

11.下拉到 ORIGIN 區(qū)域即為該轉(zhuǎn)錄本編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列

獲得該轉(zhuǎn)錄本的 ORF 序列

12.返回到以下界面

13. 點(diǎn)擊 CCDS11118.1 后會(huì)出現(xiàn)

14.下拉到 Nucleotide Sequence 區(qū)域即為該轉(zhuǎn)錄本的 ORF 序列，Translation 區(qū)域是該轉(zhuǎn)錄本編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。

NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索基因序列的私家套路三

套路一

進(jìn)入NCBI 網(wǎng)站，在 Nucleotide（核苷酸）數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索，以人 CCL2 為例。

套路二

進(jìn)入 NCBI 網(wǎng)站，在 CCDS（ 共識(shí)編碼序列 ）數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索，ncbi.nlm.nih.gov/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi

套路三（推薦）

進(jìn)入 NCBI 網(wǎng)站，在 Gene（基因）數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索。找到 Tools 工具的下拉菜單中 Sequence Text View，點(diǎn)擊就可以查到基因序列，并且網(wǎng)站以不同顏色標(biāo)注 CCL2 基因的不同部分，灰色的 UTR，紅色的外顯子，綠色的內(nèi)含子，以及一一對(duì)應(yīng)的編碼區(qū)。